Behe, le pauvre

Il s’est rendu ridicule chez Colbert et la vidéo est en train de faire le tour d’Internet (vue ici en premier). Mais ce n’est pas le pire !

Sur ERV, Abbie lui flanque une fessée intellectuelle publique de très haut niveau (attention, un peu de biologie nécessaire pour saisir la hauteur de l’amas de ridicule qui couvre Behe). Il fallait qu’une experte en HIV s’y penche pour répondre à celle là, le sujet n’est pas simple. Ah, bel esprit la fille, qu’est-ce que ça sera quand elle aura fini ses études 😉

En plus son post m’a fait marrer au point de gaspiller un peu de mon café.

Thank you lady.

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Ratzinger

Il suffit que Jean Staune dise que c’est bien pour que cela devienne suspect. Ce n’est pas un a priori mais un a posteriori, après pas mal de pratique de Jean Staune.

Ainsi, quand il est intervenu pour se glorifier dans les commentaires de « Incursion« , je me suis dit que je devrais regarder de plus près ce qui a été dévoilé du libre du pape, pensant que j’allais trouver des couilles dans le pâté justifiant que ce qui a été dit dans la presse convienne à Jean. Bingo ! (Jean fait quasiment du 100 % pour l’instant).

j’en étais resté au Rational Design de Ratzinger, sans lire plus.

« Benedict added that the immense time span that evolution covers made it impossible to conduct experiments in a controlled environment to finally verify or disprove the theory.
« We cannot haul 10,000 generations into the laboratory, » he said. (emphasis Oldcola)

C’est à se demander où les mecs vont chercher leurs informations. C’est vrai que ce n’est pas courant de travailler sur plus de 10000 générations, mais ça arrive bien sûr. Ratzinger n’est pas au courant, Staune je suppose non plus, sinon il aurait tiqué lui aussi.

Dans le labo de Richard Lenski, entre 1988 et 1999, 24000 générations de E.coli se sont déroulées. Le projet n’a pas été tenu secret, il y a un gros paquet (n=168 sur le lien donné) de papiers qui sont sortis, dont je ne citerai ici que Cooper, T. F., D. E. Rozen, and R. E. Lenski. 2003. Parallel changes in gene expression after 20,000 generations of evolution in E. coli. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 100:1072-1077 et Lenski, R. E. 2004. Phenotypic and genomic evolution during a 20,000-generation experiment with the bacterium Escherichia coli. Plant Breeding Reviews 24:225-265.

Pour avoir pratiqué pas loin de 75 générations d’affilée, je mesure l’ampleur du travail et je suis partisan des approches informatisées qui donnent les mêmes résultats avec des investissements (argent et temps) plus raisonnables.

Que Jean ne soit pas au courant je comprends, que Ratzinger ne le soit pas non plus, je comprends aussi; ses appréciations sont juste pifométriques.
Ca me rappelle quelqu’un dites donc…

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Il y en a d’autres qui ont fait la même remarque. Pourquoi personne n’a posé la question de la théorie de la dérive des continents, testée en laboratoire à travers les âges ? Je sais que Jean aime ça 😉

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anti-ID Google bombing

>I’m against Google bombing, but sometimes one have to go against his convinctions 😉

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nous avons en commun…

Je me demandais « qu’est-ce qu’ils ont en commun ? », en dehors de ce qu’ils déclarent. Je parle des signataires du point de vue « Pour une science sans a priori ».

J’avais l’impression qu’un trait commun n’était pas déclaré. Il m’est difficile de comprendre comment l’Université Interdisciplinaire de Paris aurait pu agréger ces personnes. Il y a des différences qualitatives qui dans d’autres circonstances auraient produit des incompatibilités.

Le déclic s’est produit, lors d’une rêverie, grâce à la « méditation transcendantale », « l’extase de St Thérèse », le corps d’Emmanuelle » et s’est fini par « Oh », qui aurait pu me porter sur une autre histoire.

La séquence est allée comme ceci : Beauregard, beau regard, beau regard, Emmanuelle, Raymond Devos, St Thérèse, extase, [Mary, Méditerranée, clapotis, clapotis, extase, regards, regard, regard, beau regard, beau regard], Beauregard !, fRMN, carmélites, prière, méditation transcendantale, bonzes, Davidson ?, Dalaï Lama, congrès de neurosciences, imitation, Beauregard – Templeton ! – $100 000, Templeton ?, UIP – Templeton, quid des autres ? … … Oh !

Tous ces braves (au fait, pensant à Ô et Emmanuelle, pas une seule dame dans le lot) ont beau venir d’horizons différents, ils ont tous en commun la fondation Templeton. Soit directement, soit à travers l’UIP.

Je m’étais posé la question « à quelle mesure peut-on considérer l’UIP comme une annexe de Templeton ? » et bien sûr par manque de données j’avais laissé ça de côté.

Encore une question : « Pourquoi le point de vue n’est pas signé UIP ou fondation Templeton tant qu’on y est ? ». Plus simple à répondre, ça aurait fait tâche envers du public français et peut-être des médias aussi 🙂

Templeton, Templeton, j’ai bien vu ce nom associé avec autre chose relatif à ce « point de vue », Templeton, Templeton… Mais bon sang, mais c’est bien sûr !

Cosmic Questions was made possible by support from the John Templeton Foundation, the Smithsonian Institution, the North American Montessori Teachers Association, Science & Spirit Magazine*, and individual donors.

*Site and magazine supported by a generous grant from the John Templeton Foundation, Science & Spirit Magazine.

Mais oui ! Templeton finançait grassement la section de l’AAAS qui a organisé la conférence. Dans le temps elle finançait aussi le Discovery Institute.

The Templeton Foundation, who provided grants for conferences and courses to debate intelligent design, later asked intelligent design proponents to submit proposals for actual research, « They never came in, » said Charles L. Harper Jr., senior vice president at the Templeton Foundation, who said that while he was skeptical from the beginning, other foundation officials were initially intrigued and later grew disillusioned. « From the point of view of rigor and intellectual seriousness, the intelligent design people don’t come out very well in our world of scientific review, » he said. [5]

The Templeton Foundation has since rejected the Discovery Institute’s entreaties for more funding, Harper states. « They’re political – that for us is problematic, » and that while Discovery has « always claimed to be focused on the science, » « what I see is much more focused on public policy, on public persuasion, on educational advocacy and so forth. » [6]

Il semble que c’est le Discovery Institute qui n’a pas voulu la collaboration avec la Templenton Foundation, et pas l’inverse.

Si la Templeton a financé « Cosmic Questions« , dont la deuxième journée portait sur « Is the universe designed? » et que tous les signataires ont quelque chose à faire avec Templeton (directement ou via l’UIP) je comprends mieux que ~20% du texte porte sur l’événement ! Avant je ne comprenais pas.

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Science sans a priori

J’ai attentivement lu le Point de Vue : « Pour une Science sans a priori« .

Document vraiment intéressant pour au moins trois raisons

1. il a trouvé un chemin jusqu’à un journal national
2. il est d’une légèreté insoutenable, même par les signatures qui le suivent
3. il montre à peu de choses près qu’il est pour une science avec des a priori

Mais avant d’aborder ces trois points : pourquoi l’UIP et ses membres souhaitent si ardemment d’être dissociés de l’Intelligent Design et des Créationistes que ce dernier a longtemps hébergé ouvertement et qu’il cajole toujours, même s’il s’agit des cousins avec qui ils aiment pas trop être vus ?

Probablement parce que l’ID est en train de prendre une pâtée dans son propre fief, les USA, et que son avenir devient de plus en plus sombre. Non pas seulement parce qu’il n’a pas pu accéder au statut de théorie scientifique, la National Academy of Science ayant détruit ses espoirs devant l’absence d’arguments scientifiques, mais aussi ses alliés naturels l’abandonnent progressivement. Et il faut dire que la « Creationist Science » qui avait mué en « Intelligent Design » est dans des draps encore plus sales.

Aujourd’hui, si vous avez la moindre prétention pour une approche surnaturaliste de l’explication du monde il faudrait être suicidaire pour se laisser confondre avec les créationistes et les designists. Mais on peut être irrationnel et pas suicidaire, n’est-ce pas ?

Néanmoins, quelle que soit le credo quant à la façon qu’un éventuel créateur ait agi (ou agit toujours), si on croit à l’existence et l’action d’un créateur on est créationiste. On ne va pas changer la signification du mot juste pour le plaisir de 15 personnes. Quand je dis créationiste, je ne veut pas parler uniquement des YEC, des Young Earth Creationists, cette caste assez particulière pour croire que la Terre est âgée de quelques 6000 ans. Je parle bien des créationistes, façon chrétiens par exemple, qui croient que leur dieu a créé l’univers et dedans a placé l’homme à son image. S’ils ont honte de leur croyance qu’ils le disent clairement. Ils pourront par la suite confesser leur faute et se faire pardonner, s’ils le regrettent vraiment.

Par ailleurs, toute approche téléologique, qui est basée sur un objectif qui a conditionné des actions particulières, par exemple le fine-tuning que certains croient avoir été effectué pour permettre l’apparition de la vie, parle bien d’un dessein, intelligent, stupide ou autre, mais dessein quand même. A ce titre, les chrétiens, pour garder un exemple que je connais bien, croient bien à un dessein intelligent (qui plus qu’un dieu omniscient pourrait prétendre à l’intelligence ?). Que leur Intelligent Design ne corresponde pas à celui prôné et défendu par le Discovery Institut ne signifie pas qu’ils ne desservent pas un Intelligent Design.

Autant je trouve respectable l’attitude d’un chrétien, qui en accord avec sa religion se dit créationiste et défendeur d’un dessein intelligent, autant je trouve méprisables ceux qui réfutent la religion à laquelle ils affirment adhérer, pour éviter qu’ils soient critiqués par leurs adversaires. Avoir l’honnêteté d’afficher clairement ses opinions est la moindre des vertus.
Cracher de la sorte sur sa liberté d’expression est un comportement inqualifiable sans être injurieux.

Passons aux trois points cités en entrée, mais examinons les du troisième au premier.

Non matérialistes de tous les pays unissez vous!!!! C’est le cri de Jean Staune que je vous transmets ici, Jean Staune de l’Université Interdisciplinaire de Paris (association loi 1901). Suivi d’un aperçu de son programme :

réference
PS j’ai lu la réf ci-dessus
Pour plein de raisons que je vous dirais un jour je pense que le ID n’a pas d’avenir
Mais au plan de la forme ma stratégie est proche!
1) partir du réel sans à priori
2) montrer l’insuffisance des approches matérialistes DANS TOUS LES DOMAINES SCIENTIFIQUES
3) unir tous les religions et meme les spiritualités non-religieuses autour de la nouvelle vision de l’homme et du monde issus des sciences
4) voici quelques textes sur cela [non donnés ici]
5) dans tout cela le non- darwinisme joue un role tout à fait mineur!!
6) nos points “fort” sont en physique quantique et en astrophysique voire en mathématiques

Il n’a pas eu encore l’occasion de m’expliquer pourquoi d’après lui l’Intelligent Design (ID pour les intimes) n’a pas d’avenir. Mais il y croit et je comprends pourquoi l’UIP ne veut pas le fréquenter et la nécessité de s’en dissocier par une déclaration publiée dans un journal national. Même si leurs stratégies sont proches.

On ne peut pas dire que l’approche de Jean Staune et de l’UIP sont sans a priori. La cible sont les matérialistes. Même s’il déclare ne pas avoir d’a priori, l’a posteriori se doit d’être « l’insuffisance des approches matérialistes DANS TOUS LES DOMAINES SCIENTIFIQUES » et aboutir à une « internationale agglomération » de tous les non-matérialistes. Tenter de déguiser de la sorte un a priori pourrait être considéré comme une insulte à l’intelligence de son interlocuteur, mais je suis de de bonne humeur et je ne le prends que pour une marque de maladresse. Tenter de rafler les fonds de tiroir non-matérialistes pour obtenir une masse critique est juste pathétique; mais dans ses temps difficiles où le matérialisme semble avoir le vent en poupe je comprends qu’on soit peu regardant quant à ses alliances; il sera toujours temps de régler ses comptes plus tard, doivent penser les uns et les autres.

On retrouve le même sens des a priori dans le texte publié dans Le Monde.

L’a priori le plus important porte sur ce qui est présenté comme un fait : que la majorité de nos contemporains souhaitent une réflexion non pas seulement quant aux implications philosophiques et éthiques des découvertes scientifiques, mais aussi métaphysiques. Il est double ! D’une part on suppose que la majorité de nos contemporains sont intéressés par la métaphysique, ce qui est possible mais certainement pas étayé ici. Mais il y a aussi l’a priori que les découvertes scientifiques vont avoir des conséquences quant à notre approche du métaphysique. Ce qui est loin d’être largement accepté et certainement pas démontré (s’il est démontrable, ce dont je doute)

Dans la version que Jean Staune m’a adressé du texte, il y avait un sous-titre qui n’est pas passé dans la version finale. C’est maladroit de me l’avoir envoyé, puisque je ne résiste pas à l’envie de l’afficher :

Si les scientifiques renoncent à la réflexion métaphysique et spirituelle , ils se couperont de la société

Chacun fera sa lecture, que je vous livre la mienne :
Scientifiques, vous les mal-aimés du public, pour avoir permis le nucléaire avec ses bombes et ses déchets, pour avoir pollué l’atmosphère avec des gaz à effet de serre, pour avoir planté les OGM dans nos champs, pour avoir mis sur le marché des médicaments douteux, il vous reste une planche de salut : la métaphysique et la spiritualité. Si vous ne vous accrochez pas dessus vous resterez des mal-aimés; pire, vous deviendrez une caste d’intouchables peut-être.

Bah ! dans le genre je vais vous mettre la pression et vous foutre la trouille on fait nettement mieux.

Puis, on trouve deux a priori qui sont construits :
L’un, en déclarant que les déistes ne doivent pas être considérés comme créationistes. Parce que le terme créationiste pue ces dernier temps. Malgré le fait que par définition les déistes sont des créationistes.
L’autre, en réfutant que derrière les approches téléologiques et/ou déistes il y a bel et bien un dessein, dans une tentative risible de dégager le principe anthropique (plus téléologique que ça ?) du terme dessein, qui lui aussi pue.

La structure du texte est fort intéressante. Même William Dembski du Discovery Institute qui défend l’Intelligent Design, fait largement mieux. Et j’ai toujours la même impression que son rédacteur n’est pas parmi les signataires.

Qu’il soit légitime de réfléchir aux implications des découvertes et des théories scientifiques il n’y a aucun doute. Pourquoi devrions nous mélanger philosophiques et éthiques avec métaphysiques il n’est pas dit, et encore moins pourquoi il est nécessaire. C’est juste une espèce de vérité annoncé, façon révélation.

Regardez la construction de la phrase : dans la partie a priori vous avez « conceptions religieuses ou métaphysiques » dans l’a posteriori, les « conceptions religieuses » ont disparu, aussi bien que les « conceptions métaphysiques », ces dernières étant remplacées quand même par des « implications métaphysiques », le « métaphysiques » donnant un semblant d’équilibre et étant mis au même niveau que les implications philosophiques et éthiques !

Que Bernard d’Espagnat signe ce texte est étonnant. Je l’avais rangé parmi les rationels, à cause de la conclusion de son exposé « Physique contemporaine et Intelligibilité du monde », qu’il conclu ainsi :

Alors, finalement, le monde est-il intelligible ? À cette question, du moins, je pense que nous pouvons répondre de façon nuancée mais nette. Si par “monde” nous entendons le monde de l’action humaine, la réalité empirique, la réponse est oui : ce monde-là est intelligible et, grâce à la science, nous progressons tous les jours dans sa connaissance. Si, en revanche, par “monde” nous entendons, une Nature à la Spinoza – ce qui est en soi, ou par soi, tout à fait indépendamment de nos facultés de connaître – alors la réponse est non. Ce “monde” là peut, au mieux (et encore!) être deviné.

As-t-il changé d’avis ? As-t-il signé ce texte précipitamment ? J’aimerais bien le savoir.

Ou alors le métaphysique vient de faire son entrée dans le domaine du naturel et c’est passé inaperçu 🙂

La construction du texte est a prendre en considération. Elle est pour le moins floue.

[…]l’American Association for Advancement of Science (AAAS),[…] a-t-elle organisé un colloque sur les « Questions cosmiques » (Cosmic Questions), dont une journée était intitulée : « Y a-t-il un dessein dans l’Univers ? » (« Is the Universe designed ? »). Bien entendu, aucun des supporteurs actuels du Dessein intelligent n’y avait été invité.

Ici nous avons un fait. On s’attendrait à avoir les conclusions du colloque qui éventuellement viendraient supporter l’une ou l’autre des assertions. Il n’en est rien, parce que l’on ne peut conclure sans preuves. Je garderai pour ma part l’appréciation de Steven Weinberg, disant que le fine-tuning est du « mystical mambo-jambo« .

Ce domaine de recherche, qui concerne ce qu’on appelle le « principe anthropique », a donné lieu à de nombreuses publications dans des revues à référés. L’existence de ce réglage a amené certains scientifiques à penser que cela donnait une possibilité nouvelle – mais en aucun cas une preuve – à l’hypothèse de l’existence d’un principe créateur. D’autres contestent vigoureusement cela, sans apporter de preuves du contraire.

On trouve ici le chouchou de l’approche pseudo-scientifiqe par excellence. J’émets une hypothèse, je n’avance aucune preuve, et je te mets au défi de prouver le contraire. Comme si les scientifiques étaient obligés de réfuter toutes les hypothèses gratuites que les uns et les autres ont envie d’emettre.
Le principe qu’il faut étayer ses hypothèses, et les rendre testables semble passer au dessus de la tête des signataires et du rédacteur. S’il y a une chose qui rapproche le Discovery Institute et l’Université Interdisciplinaire de Paris c’est bien cette attitude. Et aucune protestation ne changera les faits.

On retrouve la même légèreté du raisonnement dans les affirmations.

Vouloir se servir de l’existence d’un mouvement comme le Dessein intelligent pour discréditer les scientifiques qui affirment, a posteriori, que les découvertes scientifiques récentes donnent droit de cité, sans les prouver, aux conceptions non matérialistes du monde, c’est effectuer, volontairement ou non, une confusion qu’il convient de dénoncer.

La liberté d’expression est acquise. On peut prétendre n’importe quoi, mais sans preuves il n’est pas possible de gagner le droit de citer en tant qu’approche scientifique, surtout si on prétends parler a posteriori. Il y a comme un défaut de logique là.

Accuser, comme cela a été le cas récemment en France, ces mêmes scientifiques de se livrer à des « intrusions spiritualistes en science », c’est contraire à l’éthique et à la liberté du débat qui doit exister sur les implications philosophiques et métaphysiques des découvertes scientifiques. C’est aussi faire deux poids deux mesures, car ces mêmes personnes n’accusent nullement un Richard Dawkins, par exemple, d' »intrusion matérialiste en science ».

Je trouve que Dawkins fait des intrusions matérialistes en science et qu’il n’y a pas de quoi porter une accusation là, mais de quoi le féliciter. Ses intrusions sont clairement scientifiques. Par contre, pour prendre un exemple qui n’est pas cité, Anne Dambricourt Mallasé fait des intrusions non scientifiques et là il y a de quoi porter une accusation du point de vue du scientifique. Si elle évitait de parler de science et qu’elle se contentait de parler de philosophie je ne pense pas que les scientifiques se trouveraient offusqués ! Mais ça serait contraire à l’éthique scientifique que de la laisser faire sans protester vivement.
La liberté du débat implique que l’on apporte des preuves à ce que l’on avance.

Agir de cette façon, ce n’est pas servir la science. En une période où il existe une crise de vocation importante chez les jeunes pour les carrières scientifiques, où la science est soumise à différentes sortes de critiques, celle-ci se doit d’être la plus ouverte possible (entre autres ouverte à la question du sens) et ne doit pas se refermer autour d’un rationalisme borné caractéristique du scientisme.

Penser un seul instant que l’on doit ouvrir les portes de la science à n’importe qui, sous prétexte que l’on manque de vocations, et éventuellement à l’irrationnel, c’est effrayant ! Et que vient faire le scientisme là dedans ? Etre rationnel est synonyme de borné ? Y-a-t-il un dictionnaire à l’UIP ? Sinon on lance un dictio-thon pour le rédacteur de cette phrase. D’ailleurs, qui a rédigé cette phrase ?

Le texte ne mérite pas les signatures qui le suivent. J’espère qu’il y en a qui vont se rendre compte de leur erreur et qui s’en mordront les doigts et que dans l’avenir ils feront un peu plus attention à ce qu’ils signent. et il ne mérite certainement pas d’être pris au sérieux. Si ce n’est…

Si ne n’est que c’est la preuve d’un lobbying de la part des partisans du métaphysique, pour le faire passer auprès du public et des médias comme une conséquence qui se voudrait normale pour l’interprétation des découvertes scientifiques.
Je doute que les découvertes scientifiques puissent un jour faire la preuve du métaphysique, et là dessus je suis d’accord avec d’Espagnat, si ce n’est que ce qu’il appelle deviner le « monde »je pense être imaginer le « monde », comme les auteurs de fiction le font.
Et je n’irais pas détruire les rêveries d’autrui tant qu’il ne prétend pas que ce sont des faits.

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« wait and see » or « go and find »

This is from David Berlinski, a senior fellow of the Discovery Institute; it is the last sentence of his paper « On the Origins of Life« . I think it resumes quite correctly the attitude of many, if not most, if not all, of the Intelligent Design proponents:

In the end, these are matters that can only be resolved in the way that all such questions are resolved. We must wait and see.

That’s the general problem with the Intelligent Design idea, it’s easier to say it was designed rather then find out how it happened. Others would say « Go and Find » and I clearly prefer to belong to this second category.

Anyway, what should we wait for, others to do the job or the last judgement?

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ADM-DM-03

Anne Dambricourt Malassé • ADM DM #0 – ADM DM #1 – ADM DM #2 – ADM DM #3

I’ll keep the same here as for parts ADM-DM-01 and ADM-DM-02, Specs in Isle, velo, the gene determining Specs’ velocity, and the same clonal population at time T₀.

Let’s consider now three particular mutations of velo gene: velo-d1, velo-d2, which are the same as in ADM-DM-02, and velo-d3.
The genotype d1-d2 is always at the origin of a velo-jump of x%; the genotype d1-d2-d3 produce a velo-jump of n*x%, where n>1. Genotypes d1-d3 and d2-d3 are neutral for velocity.

For equal probabilities of occurrence of the three mutations, p, the probability to observe the triple mutant d1-d2-d3 is p_1/2/3 = p³. An event less probable then the double mutant d1-d2, p_1/2 = p².

Statistically the double mutant d1-d2 appears before the triple mutant d1-d2-d3. And the double mutant is necessary to observe a phenotypic impact from the mutation d3.

Once the double mutant d1-d2 present in Specs population it will be fixed as it represents an advantage for the carriers and thus the probability to obtain the triple mutant will increase to p_1•2/3 = p !

The step from the initial genotype/phenotype (T₀) to the d1-d2 ones (T_s) is expected to be longer then the step from d1-d2 to d1-d2-d3, statistically mean.

The following figure illustrates six runs of the model, with x%, the velo-jump du to d1-d2, equal to 25%, and n = 2, so the velo-jump associated with d1-d2-d3 is of 50%.

Only the mean velocity of the Specs population is represented. There is a story line where d1-d2 wasn’t observed. The rectangular ROI highlights the two velo-jumps. The circular ROI highlights overflows, where the velocity is above the optimal one, and show that the model is still reversible.

Let’s take a look at a particular line story:

Arrows point to the apparition of d1-d2 and d1-d2-d3 and the corresponding velo-jumps. And in this particular example the time lapsed between the wild type and the double mutant is longer then the time lapsed between the double and the triple mutants. This graph represents what one expect to observe as a statistical result.

The graph below was obtained with x% = 25% and n = 2, just for better visualization of the velo-jumps.

We have here a typical situation of overflow. The pic of velocity (red arrow) is du to the effect of d1-d2-d3. The phenotype will reverse as a higher then the optimal velocity isn’t selected, and the optimal velocity will be reached.

Let’s summarize:

• A population of Specs, a species with three main activities: sleep, food and sex; duration of sleep is constant so Specs existence may be considered as part alimentation and part sexual activity.
• At the beginning of the stories lines T₀ all Specs share the same genotype and present the same phenotype.
• At the T₀ Specs aren’t perfectly adapted to their environment. There is a selection pressure favoring those able to move faster and thus feed in shorter times; those dispose of larger periods for sexual activity and their genetic variants of velo will be transmitted to descendants. Foods density on Isle determine the V_max, which is the speed of movement of Specs, making meals so sort that they don’t interfere with sexual activity.
• During the observation period a single gene is able to mutate, velo, which is the only one modulating velocity, which is the phenotypic trait describing Specs maximal speed; variations on genotype produce equivalent variations on phenotype, directly.
• From the many variants of velo three are remarkable, d1, d2, and d3. The probability to observe these three mutations is equal and expressed by p, which satisfy to the condition 0velocity, what I called a velo-jump. The same is for genotype d1-d2-d3, which have a more important effect. Genotypes d1-d3 and d2-d3 don’t produce a velo-jump.

What could we get from such a simple model:

• Directional evolution of the phenotypic trait velocity, under selection pressure which is related to the actual Specs characteristics and the optimal value of velocity. The selection factor is a combination of Specs characteristics, velocity and available food resources density. Inversely proportional to velocity, it is difficulty observable when the population reach a mean velocity value equal to the optimal. The directionality of evolution of the phenotypic trait is reversible; if the population reach a mean velocity value higher then V_max, it will tend to decrease, stabilizing around V_max.
• Sudden increases of the value of the phenotypic trait, velo-jumps, are possible, when d1-d2 and d1-d2-d3 genotypes are produced by random mutations. If one can evaluate the probability to see those genotypes, it’s impossible to predict when they will occur. It is also impossible to predict the time laps between d1-d2 and d1-d2-d3, but one can calculate probabilities:
  The probability to obtain d1-d2-d3 is p_1/2/3 = p³

before the apparition of genotype d1-d2,
the probability to obtain d1-d2 is p_1/2 = p², and
the probability to obtain d1-d2-d3 becomes p_1•2/3 = p after the apparition of genotype d1-d2.
Thus, p_1•2/3 > p_1/2 > p_1/2/3, which means that the more probable path is to get d1-d2 first, then after a relatively short period d1-d2-d3 (which may be considered as an acceleration of the evolution of velocity).

1. Directionality of evolution of velocity is respected, at the phenotype level.
2. Discontinuity of evolution of velocity is respected, at the phenotype level.
3. Reversibility of evolution of velocity is respected, even at the phenotype level.
4. Randomness, as builded in the model, is respected, at the genetic level.
5. The selection factor is a combination of physiological and environmental characteristics, inversely proportional to the phenotypic trait, and it would be quite difficult to determine once the optimal value reached or by fossils examination.

The model is darwinian, the observations similar to those reported by ADM.

Maybe she could spend some time considering this option before the evocation of Unknown Factors, Internal Plans or any thing else.

To do so, it is necessary to dispose of molecular (genetic) data. A first step would be the determination of genes expressed during the cranium build at the sphenoid region; gene arrays to determine which ones then in situ hybridization, to validate and dispose of a spatial repartition overview. And this for both Homo sapiens and a closely related species, which genome is known, say Pan troglodytes.
If that fails, then something else may be considered.

Technorati tags: Anne Dambricourt, Jean Staune, Intelligent Design, Darwinism, genotype, phenotype

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ADM-DM-02

Anne Dambricourt Malassé • ADM DM #0 – ADM DM #1 – ADM DM #2 – ADM DM #3

I’ll keep the same here as for example #01, Specs in Isle, and velo, the gene determining Specs’ velocity, and the same clonal population at time T₀.

Let’s consider a particularity of gene velo. If two specific mutations are present on the same molecule, velo-d1 and velo-d2, they act synergistically and the velocity of the individual is V_max. velo-d1 and velo-d2 independently don’t affect the velocity trait, thus they aren’t selected, and they aren’t punctual mutations.
Say that this occurs at time T_d1-d2, and this is in a stage of Specs history that gives it a clear advantage, substantially increasing the movements of carrier Specs, this particular combination will spread rapidly in Specs population, as the carriers have plenty of time available for sex.

The history of Specs will be determined from the occurrence of this particular random event. It represents a jump in the evolution of the particular phenotypic trait, velocity.
A jump which amplitude will be inversely proportional to T_d1/d2-T₀.

If you observe the increase of velocity of the Specs and don’t know anything about their genetics, you may have the feeling that there is some Unknown Factor making them faster and faster. And that at time T_d1/d2 another Unknown Factor changed the rules and produced the jump of the velocity’s increace. Then you have two solutions: considering some Mysterious Internal Blueprint due to Supernatural Causation being the cause of the velocity’s increase and some Mysterious Change of the Internal Blueprint at time T_d1/d2, or inventing genetics and understand how Specs evolved from Spec SlowMotion (those Specs present at T₀) to Spec AsFastAsPossible (those Specs living at time T_{s, including the velocity’s sudden increase at Td1/d2}.

And this is a third observation: Phenotypical traits may evolve in a directional way and by jumps, while mutations are still perfectly random.

But a jump at V_max isn’t very probable. Let’s say that this is a smaller jump, an increase of x% of the initial velocity, V₀, and this particular event I’ll call a velo-jump from now on; the plot of velocity versus time (generations) will be something like that :

Concommitant to the velocity’s increase there is a drop of the selection pressure (they are correlated) and then the evolution of the phenotype will follow the same path as in example 1, reaching a plateau.

The coexistence of the two mutations in a single velo molecule is a random phenomenon. So it’s impossible to say « when » and « if » it will happen during the Specs history. I run a few simulations, and I had a very pleasant surprise; a velo-jump above V_max. I wasn’t expecting to talk here about the reversibility of the model, but here is what I got at the second run of the model:

There are two graphs in fig above. Both represent the same data, the one at the right isn’t versus time, but log(time), this is useful to see more clearly early events. The blue curve represent velocity and the red ones selection pressure. The genotype d1-d2 appears relatively late and the velocity gain set V_s above V_max. This phenotype isn’t privileged, as in the case where food’s density increased, I presented in example 1. So it will be progressively lost, either by reversion or by apparition of new mutations. I was glad to see that « happen », the model used for simulations seems to be well constructed.

Reversibility is conserved.

I gave it a few more runs and I overlaid a series of graphs to show alternative Specs histories:

There are three series presented here, a, b and c, corresponding to velo-jumps of 10, 20 and 40% of V₀ respectively. For each series I show graphs with the x axis as time or log(time). The red arrows at « series c », points to a story where the d1-d2 genotype didn’t appeared. The duration of Specs history is normalized here. I’ll come back to this.

While V_max is reached for every run, which mean that the Specs will be optimized for their environment, the path, trough which this is achieved, is as random as the occurrence of the d1-d2 genotype; it may even not contain this particular event.
Now, why did I normalized the histories lengths? It’s only a matter of better visualisation. Let’s see at what generation d1-d2 appeared for a set of 1000 runs :

Quite random, ranging from 5 to 53777. To make it visible, without making a particular choice, the simplest way was to normalize the duration of the stories.

One may evaluate odds that d1-d2 appears during the Specs history; this is a simple probability calculation, predicting that d1-d2 may appear. If the probabilities are equal for both mutations, and p is the probability for each one, then the probability to get both simultaneously is p_d1-d2 = p².
It doesn’t say when.
On the other hand, you may evaluate what is the probability for d1-d2 to appear after n generation and that will be n * p_d1-d2 = n* p².

Randomness is preserved at the mutations level, and thus at the genotype level, the phenotype evolves directionally as long as it doesn’t exceed the optimal value (otherwise the direction change), and a particular genetic event may produce jumps of the phenotypic trait.
One couldn’t predict the history of the Specs otherwise then in terms of probabilities; the single predetermined element is V_max, and this is only to facilitate calculations, the real value being a function of the Specs physiology and foods density.
The probability to have two identical histories (runs of the simulations) is low. Some cases are present (difficult to see on the graph, but there are 42 repetitions! Now, that the genotype d1-d2 occurs at generation g twice (or more) that doesn’t mean that the paths where identical!

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ADM-DM-01

Anne Dambricourt Malassé • ADM DM #0 – ADM DM #1 – ADM DM #2 – ADM DM #3

To start the series let’s consider something quite simple. The species I will talk about is an imaginary one, I call it Spec. It lives in an isolated island, Isle, and Specs is the only animal present on it. Isle is a paradisiac island for Specs; virtually infinite surface and unlimited food, constant whether, and the Specs are almost perfectly adapted.

Specs’ life is divided in three main parts: food, sleep and sex.

They all sleep strictly the same time. And that’s invariable through the story I’m presenting here.

So, they eat and have sex. The first priority is food; a hungry Spec is unable to have sex, it can’t quite concentrate. Food is unlimited but it’s concentration isn’t optimal and Specs have to go around to gather what they need.

At time T₀ all Specs are genetically identical, a perfect clone, as those you only may find in imaginary stories, and so they present exactly the same phenotype. From time T₀ and further, mutations appears, but, to keep the story simple, they are possible in a single gene, velo. Velo is the gene which determines the maximal velocity of Specs.

It’s a quite important gene, because the faster a Spec is, the faster it can go around and find food and calm his hunger, thus increasing the time devoted to sex. So, mutations in velo gene, increasing velocity, are favored as they allow for longer sex periods and increase this way the probability to be inherited by the next generation.

Such mutations tends to accumulate and Specs become faster and faster over generations, up to the point T_s where the time spend for eating becomes insignificant compared to the time spend for sex. From now on, further mutation in velo gene don’t provide evolutionary advantage and thus they wouldn’t be favored. The velocity reached is V_max.

From time T₀ to time T_s there was a progressive and continuous increase of Specs’s velocity without any external factor acting; natural selection occurs, but driven by the probability of inheritance of the faster alleles of velo.

We have here a situation where random mutations on velo will be reflected over the generations as an increase of velocity of the individuals. One may expect that the process may be progressive at both the genetic and the phenotypic levels.

If you observe the increase of velocity of the Specs and don’t know anything about their genetics, you may have to postulate that there is some « Unknown Factor » making them faster and faster. Then you have two solutions: (a) considering some « Mysterious Internal Blueprint », due to « Supernatural Causation » or anything else one could imagine, or (b) inventing genetics and understand how Specs evolved from Spec SlowMotion (those Specs present at T₀) to Spec AsFastAsPossible (those Specs living at time T_s.

Now, we know that even in the absence of directly involved, external, natural selection factors, Specs evolved following a strictly darwinian model, with completely random mutations at the genetic level, leading to a directional evolution of a phenotypical trait, velocity.

The selection factor in this case is the time available for sex. It exists without any external intervention, natural or supernatural, and will progressively vanish as the velocity of Specs increase to reach a plateau. In fact, the selection pressure will decrease proportionally to the increase of Specs’ ability to move fast.

And this is the first observation: phenotypical traits may evolve in a directional way, while mutations are perfectly random. The species is progressively adapting.

And there is a second observation: selection factors may be neither internal or external and their intensity may be directly dependent from the degree of evolution of a phenotypic trait. And selection factors may be invisible once the species is adapted. Here the selection factor is closely related to food’s density, which is an external factor. The schema proposed make the assumption that during Specs history food’s density don’t change.

Fig 1 :

Blue line corresponds to the mean velocity of the Specs; red line to the selection pressure. Top graph : increase of velocity and consequent dicrease of the selection pressure; no changes of foods density. Lower graph : Food’s density change during the period observed, reducing the selection pressure, which in a first time appears to be « negative« , then reach zero. The mean velocity of the Specs population drops in the absence of selective pressure (see below).

What if food’s density increase? Say to the point that feeding time is short enough to not hinder sex time. The selection pressure will drop, and the mutations accumulated will no more represent an evolutionary advantage. They will tend to disappear, simply, replaced by any other random mutations. The mean velocity of the Specs population will decrease and eventually reach the basal level again

No speciation observable here, just a succession of races of Specs.

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ADM-DM-00

Anne Dambricourt Malassé • ADM DM #0 – ADM DM #1 – ADM DM #2 – ADM DM #3

ADM presents a set of observations showing that a phenotypical character evolved following a particular direction, and done show in a discontinuous manner, with several steps becoming shorter over time. And as reversion isn’t observed, she conclude to irreversibility of the process.

Those are well documented facts, and I trust ADM as paleontologist. I regret that people talked about falcification, probably without taking enough time to think about such a severe accusation.

The central point, which wasn’t considered as far as I know about this case, is that ADM presented data about a phenotypical variation, and that’s all. No genetic data. Of course fossils can’t provide this information, and this is maybe the reason why she didn’t considered the genetic aspect of the problem. But she make an interest parallel with embryogenesis, and this is probably the source of genetic data one would like to consider, as embryos are available from several species of primates, including humans.

I will present, and try do do it in the simplest manner, a quite simple model presenting all the characteristics that leaded ADM, and other, to consider that these observations where incompatible with darwinism. This isn’t the model I would start with to explain ADM findings; a more elaborated one must be constructed, taking in account all information available about the development of the skull, including genes’ expression variations which determine at the molecular level the steps of the process.
What is the interest of the model I’m presenting? Showcase that random alterations at the genome’s level, associated with natural selection factors (at least one) may lead to the directional, discontinuous evolution of a phenotypical trait.

I kept the model as simple as possible: one gene, one selection factor; thus it will be accessible to everybody with a basic knowledge of biology. I present it in three steps:
One to showcase directional evolution of a phenotypic trait, and it’s reversibility if external conditions change, due to randomly occurring mutations.
One to show how phenotypic jumps may be observed, corresponding to particular, randomly occurring, genetic events.
One to make evident that the succession of such phenotypical jumps may be accelerated while mutations are kept random.

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